2026年（令和8年）10月1日より、出入国在留管理庁（入管）における外国人の在留手続に関する手数料額が改定され、あわせて納付方法の大幅な変更が行われます。「在留資格変更許可」や「在留期間更新許可」、さらに「永住許可」など、企業が外国人社員を雇用・管理する上で避けて通れない重要手続の手数料が改定されます。

特に今回の改定では、改定後の金額変更だけでなく、「窓口申請」と「オンライン申請」で納付手段（収入印紙かキャッシュレス決済か）が明確に分離される点、および審査完了を装った「詐欺メール（フィッシング詐欺）」のリスクが高まる点に厳重な注意が必要です。

本記事では、企業の外国人雇用担当者様や人事ご担当者様向けに、令和8年10月1日施行の在留許可手数料改定のポイント、窓口・オンラインそれぞれの納付ルール、実務上の注意点、そして詐欺メールへの対策まで、分かりやすく網羅して解説します。

令和8年10月1日施行！在留許可手数料の改定（値上げ）一覧

改正入管法施行令第25条第1項の規定に基づき、2026年10月1日より在留手続の手数料額が改定されます。

今回の改定では、在留期間（3月以下、1年、3年、5年など）や申請方法（窓口かオンラインか）によって改定後の手数料細分化が行われています。企業のコスト管理や申請手続のスケジュール策定のため、まずは改定前後の金額一覧をご確認ください。

※オンライン申請の場合、上記の手数料とは別に別途決済手数料が必要となります。

経過措置に関する重要ルール（いつ申請したかが鍵）

「2026年10月1日以降に結果（許可）が出た申請はすべて値上げ後の料金になるのか？」という疑問を持たれる担当者様も多いでしょう。

結論として、経過措置が設けられており、2026年9月30日までに受付が完了した申請については、実際の許可が10月1日以降となった場合でも改定前の旧手数料が適用されます。申請の受入完了日が入管側の基準となりますので、直前に申請を予定している場合は余裕を持ったスケジュール調整をおすすめします。

【窓口申請 vs オンライン申請】変更された手数料納付方法を徹底比較

令和8年10月1日以降、手数料の納付方法は「窓口で受け付けた申請」と「在留申請オンラインシステムで受け付けた申請」で完全に異なるルールが適用されます。従来のような「とりあえず収入印紙を買っておけば安心」という対応は通用しなくなりますので注意してください。

1. 窓口申請での納付手続と実務上の注意点

各地方出入国在留官署の窓口で受け付けた申請に対する許可を受ける場合は、収入印紙により納付します。

• 購入方法は現金のみ：入管局内の売店や郵便局等で収入印紙を購入する際は、現金のみの対応となります。クレジットカードや電子マネーは使用できません。
• 事前購入の推奨：各入管官署に入居している売店や近隣コンビニエンスストアでは、高額な収入印紙（改定後の3万円〜7万円台など）の在庫が不足するケースが予想されます。審査完了ハガキに記載された納付額を確認したら、できる限り大規模な郵便局等で事前に収入印紙を購入してから受取窓口へ赴くようにしてください。

2. オンライン申請での納付手続と実務上の注意点

在留申請オンラインシステムで受け付けた申請に対する許可を受ける場合は、受取方法が「郵送交付」「窓口交付」のどちらであっても、コンビニ決済または銀行決済（ペイジー等）による納付となります。

• 収入印紙による納付は不可：オンライン申請で許可を得た場合、受取時に収入印紙を持ち込んでも受理されません。必ず指定の決済手段で納付する必要があります。
• ネットバンキングで完全キャッシュレス可能：銀行決済を選択しインターネットバンキングを利用することで、会社やオフィスにいながら完全キャッシュレスで手数料納付を完結できます。
• 案内メールのフロー：審査完了後、登録メールアドレス宛に「審査完了メール」が届き、続いて「決済案内メール（決済リンク付き）」が別途送付されます。メール内の案内に従って期限内に決済を行ってください。

【緊急注意喚起】オンライン決済導入に乗じた「詐欺メール（フィッシング）」対策

オンライン申請の手数料納付が電子化・メール案内化されることに伴い、出入国在留管理庁や政府機関を装ったフィッシング詐欺メール（偽メール）が急増するリスクが高まっています。

詐欺被害を防ぐための社内防衛チェックリスト

1. 送信元メールアドレスのドメイン確認：出入国在留管理庁からの正認メールアドレス・ドメイン（`@moj.go.jp` や `@isa.go.jp` 等）と一致しているか必ず確認してください。
2. 申請番号・申請内容との照合：自社で実際にオンライン申請を行った外国人社員の「申請受付番号」や「氏名」が正確に記載されているか確認してください。心当たりのないメールのリンクは絶対にクリックしないでください。
3. 不自然な決済サイトのURL確認：リンク先のブラウザアドレスバーを確認し、正規の政府ドメイン（.go.jp）であるか確認してください。
4. 社内マニュアルの周知：外国人社員本人や人事担当者が偽メールに惑わされないよう、あらかじめ納付フローと注意点を社内で共有・周知徹底しておきましょう。

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