【2026年10月施行で確定】在留申請手数料の値上げを徹底解説！企業が取るべき外国人雇用の実務対応
【企業の外国人雇用ご担当者様へ】
出入国在留管理庁（入管）における在留資格関連の手数料改定（値上げ）が閣議決定を経て正式決定いたしました。改定の施行日は2026年10月1日です。
本記事では、外国人雇用を始めたばかりの初心者担当者様にも分かりやすく、改定のポイント、オンライン申請と窓口申請の料金差、受入れ企業が直面する労務・コンプライアンス上の課題まで、実務に役立つ最新情報を網羅的に解説します。
外国人を雇用する受入れ企業（特定技能所属機関や一般企業等）にとって、在留資格（ビザ）の変更や更新手続きは定期的に発生する不可欠な業務です。今回の手数料改定は、単なる一律の値上げにとどまらず、在留期間や申請方法（オンライン申請か窓口申請か）によって手数料に明確な価格差が設けられている点が最大の特徴です。
改定案の段階でお伝えしていた内容から閣議決定を経て最終確定いたしましたので、実務への影響を踏まえて最新の改定情報を詳しく解説いたします。
目次
Toggle在留資格別・許可期間別｜改定後の手数料一覧
今回の手数料改定では、在留資格変更許可申請や在留期間更新許可申請について、これまでのように一律の手数料ではなく、許可された在留期間に応じて手数料が変わる仕組みとなります。
また、オンライン申請と窓口申請でも金額が異なります。自社で雇用している外国人材について、更新や変更の際にどの程度の費用が発生する可能性があるのか、以下の一覧で確認しておきましょう。
| 対象となる手続き | 許可された在留期間 | オンライン申請 | 窓口申請 |
|---|---|---|---|
| 在留資格変更許可 在留期間更新許可 |
3月以下 | 10,000円 | 10,000円 |
| 3月超 6月以下 | 15,000円 | 18,000円 | |
| 6月超 1年未満 | 21,000円 | 25,000円 | |
| 1年 | 27,000円 | 33,000円 | |
| 1年超 3年未満 | 42,000円 | 48,000円 | |
| 3年以上 5年未満 | 56,000円 | 64,000円 | |
| 5年以上 | 70,000円 | 75,000円 | |
| 永住許可 | – | – | 200,000円 |
※海外から外国人を呼び寄せる際の「在留資格認定証明書（COE）交付申請」については、申請時の手数料はかかりません。
※改定前は、在留資格変更許可・在留期間更新許可が窓口6,000円／オンライン5,500円、永住許可が10,000円でした。
特に注意したいのは、「何年の在留期間が許可されるか」によって、企業や本人が負担する費用が大きく変わる点です。
例えば、1年の許可の場合はオンライン申請でも27,000円、3年以上5年未満の許可では56,000円、5年以上の場合は70,000円となります。これまで一律だった手数料と比べると、長期間の許可が出た場合ほど大幅な負担増となります。
なぜ値上げされるのか？背景と二価格制の導入目的
全国の地方出入国在留管理局（入管）では、外国人労働者や留学生の増加に伴い審査窓口が長年にわたり激しく混雑しており、長時間の待ち時間や審査期間の長期化が大きな課題となっていました。
- オンライン申請の強力な推進：来庁が不要な「在留申請オンラインシステム」の手数料を窓口より安く設定することで、企業や申請取次行政書士のオンライン移行を後押ししています。
- 窓口対面業務コストの適正化：書面審査や窓口での対面対応、用紙管理等にかかる行政コストを手数料へ適正に反映させる狙いがあります。
受入れ企業としては、オンライン申請環境を早期に整えることで、手続1件あたりの印紙代コストを抑えられるだけでなく、入管窓口への往復移動時間や待ち時間を大幅に削減でき、社内業務の効率化にも直結します。
外国人雇用企業が押さえておくべき実務上の対応ポイント
手数料の改定（値上げ）に伴い、企業の人事・労務担当者が現場で対応すべき重要ポイントは以下の3点です。
1. 費用負担の社内規定見直し（義務的支援費用と本人負担の区分）
在留資格の申請にかかる手数料（印紙代）を「会社が負担するのか」「本人負担とするのか」について、就業規則や雇用契約書で明確にしておく必要があります。
特に「特定技能制度」における1号特定技能外国人の「義務的支援」に要する費用（事前ガイダンスや生活オリエンテーション、各種申請手続に関わる補足費用等）については、出入国在留管理庁の運用要領において、直接的・間接的を問わず外国人に負担させてはならないと定められています。費用負担の区分や労働条件通知書・社内規定の整合性をあらかじめ確認しておきましょう。
2. 在留申請オンラインシステムの事前利用登録
申請コストを最小限に抑え、入管窓口への移動負担をなくすためには「在留申請オンラインシステム」の利用が不可欠です。利用利用登録（機関登録）の申請から承認までは一定の期間を要するため、10月1日の施行直前になって焦らないよう、余裕を持って登録手続きを進めておくことを強く推奨します。
3. 申請スケジュールの早期管理と駆け込み対策
在留期間の更新許可申請は、現在の在留期限の3ヶ月前から受け付けが可能です。2026年10月1日の値上げ直前は、窓口・オンラインともにかけこみ申請が増加し、審査結果が出るまでの期間が通常より長引く可能性があります。外国人従業員の在留期限を一元管理し、余裕を持ったスケジュールで準備を開始することが重要です。
行政書士法人によるコンプライアンス支援と業務効率化
外国人雇用を取り巻く入管法や関連法令・運用要領は、社会情勢に応じて頻繁に改正が行われます。法改正や手数料改定の把握漏れによって生じる「不法就労助長罪」などのコンプライアンスリスクを回避するためには、最新法令の正確なキャッチアップと確実な手続き実務が欠かせません。
当行政書士法人では、在留資格申請の取次代行にとどまらず、自社でのオンライン申請導入支援、受入れ体制の構築アドバイスや各種提出書類のチェックまで、企業様の外国人雇用を総合的にサポートしております。
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